I. Ecosystémové stanice
Poskytují průběžné údaje o tocích skleníkových plynů (CO2, H2O, u vybraných ekosystémů také CH4 a N2O) a tocích latentního a zjevného tepla mezi studovanými ekosystémy a atmosférou. Základním vybavením je meteorologická věž vysoká až několik desítek metrů (podle vzrůstu ekosystému) s eddy-kovariančním systémem. Kontinuálně se zde měří meteorologické parametry, jako je radiace (krátkovlnné i dlouhovlnné záření), teplota, tlak, rychlost a směr větru a srážky. Dále jsou sledovány vlastnosti půdy (teplota, vlhkost, tok tepla do půdy a také chemické vlastnosti) a biomasy (index listové blochy, množství biomasy a její přírůst).
II. Atmosférická stanice
Atmosférická stanice Košetice – Křešín u Pacova zajišťuje kontinuální měření CO2, CO, CH4 a N2O ve výškách 10, 50, 125 a 250 m nad zemí. Vzorky vzduchu pro analýzy obsahu dalších studovaných plynů a jejich izotopů SF6, 222Rn, N2/O2, H2, 13C, a 14C a 18O v CO2 jsou odebírány jednou týdně na hladině 250 metrů. Všechny odběrové výšky na věži jsou vybaveny meteorologickými senzory (rychlost a směr větru, tlak, teplota a relativní vlhkost vzduchu).
Atmosférická stanice je propojena s meteorologickou observatoří ČHMÚ Košetice a s ekosystémovou stanicí sítě CzeCOS (sdružená stanice Košetice-Křešín u Pacova).